WWW.KNIGI.KONFLIB.RU

БЕСПЛАТНАЯ ЭЛЕКТРОННАЯ БИБЛИОТЕКА

 
<< HOME
Научная библиотека
CONTACTS

Pages:     || 2 | 3 | 4 | 5 |   ...   | 34 |

«Вестник Академии ДНК-генеалогии Proceedings of the Academy of DNA Genealogy Boston-Moscow-Tsukuba Volume 7, No. 2 February 2014 Академия ДНК-генеалогии ...»

-- [ Страница 1 ] --

Ultima ratio

Вестник Академии ДНК-генеалогии

Proceedings of the Academy

of DNA Genealogy

Boston-Moscow-Tsukuba

Volume 7, No. 2

February 2014

Академия ДНК-генеалогии

Boston-Moscow-Tsukuba

ISSN 1942-7484

Вестник Академии ДНК-генеалогии.

Научно-публицистическое издание Академии ДНК-генеалогии.

Издательство Lulu inc., 2014.

Авторские права защищены. Ни одна из частей данного издания не может быть воспроизведена, переделана в любой форме и любыми средствами: механическими, электронными, с помощью фотокопирования и т. п. без предварительного письменного разрешения авторов статей.

При цитировании ссылка на данное издание обязательна.

Составитель Академия ДНК-генеалогии Оформление издания Anatole A. Klyosov © Авторские права на статьи принадлежат Академии ДНК-генеалогии, 2014.

При перепечатке ссылка обязательна.

© А-ДНК,

СОДЕРЖАНИЕ НОМЕРА

Линейные методы расчета в ДНК-генеалогии и их ограничения при больших временах: 67-, 22- и 15-маркерные гаплотипы. А.А. Клёсов.... Признаки импактного метаморфизма в породах Ладожской импактно-вулканической структуры. В.Юрковец.................... О ВЕЛЕСОВОЙ КНИГЕ. Предисловие редактора.................... Предварительные наброски места и времени зарождения рода ариев R1a и пути миграций до начала расселения на Русской равнине по данным Велесовой книги. Г.З. Максименко............... О Велесовой Книге. Экспертиза ВК и ее значимость.

Валентин Гнатюк и Юлия Гнатюк.................................... О чем шумите вы, антивлесовитии? Экспертный анализ статьи А.А.Зализняка «О Велесовой книге». А.Т. Липатов................... История рода Романовых. Продолжение. Г.В. Трутнев................ ОБРАЩЕНИЯ читателей и персональные случаи ДНК-генеалогии.

Часть 60, письма 207-209........................................... Линейные методы расчета в ДНК-генеалогии и их ограничения при больших временах:

67-, 22- и 15-маркерные гаплотипы А.А. Клёсов http://aklyosov.home.comcast.net Расчетная методология ДНК-генеалогии сводится в основном к установлению количественной взаимосвязи между числом мутаций в наборе гаплотипов, выбор которых отвечает определенным правилам, и временем, прошедшим от общего предка этих гаплотипов до настоящего времени. Среди определенных правил – то, что все гаплотипы в выборке происходят от одного общего предка, что все гаплотипы в выборке имеют равное число маркеров (например, 12, 17, 22, 25, 37, 67, 111, или любое другое заранее определенное число), что известна константа скорости мутации в гаплотипах выбранной структуры, что определен базовый, то есть предковый гаплотип, от которого считаются мутации в гаплотипах). Например, если в выборке из ста 67-маркерных гаплотипов (в формате FTDNA, см., например, Клёсов и Тюняев, Происхождение человека, 2010, 1024 стр.) имеются 400 мутаций, то общий предок этих ста гаплотипов жил 400/100/0.12 = 3334 условных поколения (по 25 лет), то есть 850±95 лет назад. Вычисления погрешностей описаны в работе (Klyosov, 2009), и на этом мы в данном исследовании не будем останавливаться. Выше 0.12 – константа скорости мутаций для 67маркерной панели гаплотипов (измеряемой в числе мутаций на гаплотип за 25 лет), стрелка показывает поправку на возвратные мутации (Klyosov, 2009).

Возвратные мутации свидетельствуют о нелинейном характере зависимости между числом мутаций в выборке гаплотипов и временем до общего предка. Дело в том, что мутации равновероятно могут пройти «на повышение» или «на понижение» любой аллели в гаплотипе, и чем больше времени проходит от общего предка, тем больше вероятность того, что мутация пройдет на повышение, и затем на понижение в том же маркере (или наоборот, на понижение, и затем на повышение), и фактически мутация «аннулируется». Со временем наблюдаемое число мутаций в гаплотипе начинает прогрессивно снижаться по сравнению с фактическим. Поэтому поправка на возвратные мутации прогрессивно нарастает со временем от общего предка выборки. Как мы видели выше, для периода в 850 лет поправка наблюдаемое число поколений равно 33, фактическое – 34, то есть поправка составляет всего 3%. Для периода в 2000 лет (наблюдаемое число мутаций в выборке из ста 67-маркерных гаплотипов равно 890) получаем 890/100/0.12 = 74 80 условных поколений, то есть 2000 лет назад. То есть поправка на возвратные мутации составляет уже 8%. Для периода в 25,000 лет (наблюдаемое число мутаций в выборке из ста 67-маркерных гаплотипов равно 6290) получаем 6290/100/0.12 = 524 1000 условных поколений, то есть лет назад. Но здесь поправка на возвратные мутации составляет уже 91%, почти вдвое по сравнению с наблюдаемым числом мутаций.

Главная проблема таких расчетов состоит в том, что число мутаций в среднем на маркер в последнем примере приближается к критической величине, равной 1 (установленной эмпирически). Действительно, мутаций на сто 67-маркерных гаплотипов соответствует 6290/100/67 = 0.94 мутаций на маркер в среднем. Для периода в 30,000 лет (наблюдаемое число мутаций в выборке из ста 67-маркерных гаплотипов равно 7000) получаем 7000/100/0.12 = 583 1200 условных поколений, то есть действительно 30,000 лет назад. Это в среднем соответствует 7000/100/67 = 1.05 мутаций на маркер. Практика показывает, что такая система становится нестабильной из-за обилия возвратных мутаций, тем более что среди 67-маркерных гаплотипов есть много «быстрых»



маркеров (с относительно высокими скоростями мутаций), аллели которых меняются много раз за время, прошедшее от общего предка выборки гаплотипов, и именно это делает расчетную систему нестабильной.

Практика также показывает, что при временах более 25 -30 тысяч лет, прошедших от общего предка выборки, использование 12-, 25- 37- или 67-маркерных гаплотипов ведет к заметному уменьшение расчетной величины времени даже при введении поправки на возвратные мутации. В литературе такой эффект иногда называют «насыщением числа мутаций». Причина всё та же – наличие «быстрых маркеров» во всех перечисленных типах гаплотипов. Независимо от длины гаплотипа (от числа маркеров в нем) все перечисленные гаплотипы почти одинаково чувствительны в отношении обратных мутаций. Например, для 12-маркерного гаплотипа и для периода в те же 30,000 лет (наблюдаемое число мутаций в выборке из ста 12-маркерных гаплотипов равно 1166) получаем 1166/100/0.02 = 583 1200 условных поколений, то есть 30000 лет назад. Это в среднем соответствует 1166/100/12 = 0. мутаций на маркер. Все та же нестабильная зона у критической величины около 1, при времени до общего предка выборки всего тысяч лет. Для большинства вопросов древней истории этого времени вполне достаточно, но не для вопросов эволюции современного человека, где изучаемые времена часто достигают 150-200 тысяч лет.

Важным, но частичным решением данной проблемы явилось использование так называемых «медленных маркеров», например, в составе 22-маркерного гаплотипа (Клёсов, 2011), с константой скорости мутации 0.006 мутаций на гаплотип за условное поколение (25 лет).

Тогда для времен 30,000 лет, прошедших от общего предка выборки из 100 22-маркерных гаплотипов, наблюдаемое число мутаций в выборке равно 620 (по 6.2 мутаций на гаплотип), поскольку 620/100/0.006 = 1200 условных поколений, то есть 30000 лет назад, и поправка на возвратные мутации равна всего 16%. Это в среднем соответствует 620/100/22 = 0.28 мутаций на маркер, то есть далеко от критической, нестабильной зоны. Но при временах, скажем, 160,000 лет назад, наблюдаемое число мутаций в сотне 22-маркерных гаплотипов будет примерно равно 2120, поскольку 2120/100/0.006 = 3533 6400 условных поколений, то есть 160,000 лет назад. При этом поправка на возвратные мутации равна 81%, и среднее число мутаций на маркер равно 0.96, то есть опять вблизи нестабильной зоны или непосредственно в ней.

Мы видим, что переход к «медленным» 22-маркерным гаплотипам позволяет перейти к событиям от 30 тысяч лет назад до 160 тысяч лет назад, то есть достигать принципиальных улучшений в расчетах. Но уже события 200 тысяч лет назад для 22-маркерных гаплотипов становятся почти недостижимыми, поправка на возвратные мутации достигает 100%, и среднее число мутаций на маркер становится равным 1.09. При этом времена до общих предков выборок становятся опять заниженными.

Из этой ситуации есть во всяком случае два выхода. Первый – продолжать переходить на более «медленные» маркеры, но в этом случае становится почти невозможным определять скорости их мутаций и, как следствие, резко возрастает погрешность расчетов. Например, даже в не столь «медленной» для наших целей 22-маркерной панели средняя скорость мутации на маркер равна 0.006/22 = 0.00027 на поколение в 25 лет. Это означает, что даже для 4000 пар отец-сын средняя скорость мутации составит всего одну мутацию на поколение.

Погрешность такого определения будет не менее ±100%. Для еще более «медленных» панелей маркеров прямое определение скоростей мутаций маркеров становится вообще практически нереальным. Второй путь – совершенствовать расчетные методы, выводя из них прямые поправки на возвратные мутации.

В данной работе мы проведем расчеты времени до общего предка, который предположительно жил более 100 тысяч лет назад. В этом случае расчеты наиболее целесообразно проводить с помощью 22маркерных гаплотипов (Клёсов, 2011; Rozhanskii and Klyosov, 2011) по двум причинам – во-первых, данная панель составлена из маркеров с наименьшими значениями констант скоростей мутации, которые наиболее пригодны для расчетов времен до столь удаленных общих предков, во-вторых, для данной панели константы скорости маркеров оценены относительно надежно, хотя, конечно, нуждаются в доработке.

Оценка скоростей их мутаций (Таблица 1) проводилась по выборкам, для которых времена до общего предка были независимо рассчитаны по 67-маркерным гаплотипам, и сопоставлялись с результатами расчетов по 22-маркерным гаплотипам (Клёсов, 2011). Трудности прямого определения констант скоростей мутаций этих маркеров, например, по массовым экспериментам в парах «отец-сын», состоят в том, что даже на 1500-2000 пар «отец-сын» большинство этих маркеров не мутируют за одно поколение. Это показано в Таблице 2, в которой приведены данные по одной, самой массовой выборке (Ballantyne, 2010), и по «метавыборке», составной из многих прямых экспериментов ( опубликованных исследований) с парами «отец-сын». Сравнение Таблиц 1 и 2 помогает оценить достоверность выбранных нами значений констант скоростей в Табл. 1, на основании которых и проводились расчеты в настоящем исследовании.

Таблица Названия маркеров в 22-маркерной панели, и вероятность изменения маркеров (константа скорости мутации в размерности числа мутаций на условное поколение в 25 лет). Суммарная константа скорости мутации равна 0.00600 на гаплотип на поколение (25 лет).

Сопоставление Табл. 1 и 2 показывает, что практически во всех случаях величины констант скоростей мутаций 22-маркерной панели попадают в диапазон оценок, полученных при изучении множества пар отец-сын, хотя эти оценки очень приблизительны. К сожалению, эти оценки по парам отец-сын – это то, что пока может себе позволить наука. Ясно, что путь к уточнению значений констант в Табл. 1 – это работа с реальными системами гаплотипов, и их перекрестное сопоставление одна с другой, при вариации констант скоростей. В данной работе такая работа фактически начата.

Таблица Прямые экспериментальные данные по числу мутаций в одном поколении, опереденные по парам отец-сын, по данным Ballantyne et al.

(2010) и Burgarella et al. (2010), и оценки соответствующих констант скоростей мутаций.



Pages:     || 2 | 3 | 4 | 5 |   ...   | 34 |
 



Похожие работы:

«Дата переработкы: 18/июля/2011 Код продукта: BP1300 1. ОПРЕДЕЛЕНИЕ ВЕЩЕСТВА/ПРИГОТОВЛЕНИЕ И КОМПАНИЯ/ ПРЕДПРИЯТИЕ Название продукта: ТЕХНИЧЕСКИЙ УГЛЕРОД технического углерода, Технический углерод, печной технический углерод, Синонимы: сажа 01-2119384822-32 REACH peгистpaционний номep: BLACK PEARLS® / MONARCH® 1000, 1300, 1400, 1500; BLACK PEARLS® Эти данные безопасности действительны для следующих 1300B1. Вышеупомянутые наименования являются торговыми марками Cabot Corporation. марок: Добавка...»

«ГидраВлика учеБник В двух томах Том 1 ОснОВы механики жидкОсТей и ГазОВ Допущено Учебно-методическим объединением по образованию в области автоматизированного машиностроения в качестве учебника для студентов высших учебных заведений, обучающихся по направлению подготовки Конструкторскотехнологическое обеспечение машиностроительных производств УДК 556.556(075.8) ББК 30.123я73 Г464 Р е ц е н з е н т ы: зав. кафедрой Гидравлика Московского автомобильно-дорожного...»

«1 КНИГА ПАМЯТИ Труженики тыла Белозерского района 2 Книга Памяти. Труженики тыла Белозерского района. Составители Н. М. Сорокалетова, А. И. Букреев Редактор А. И. Букреев Книга издана по заказу и на средства Администрации Белозерского района. Администрация Белозерского района выражает глубокую признательность и благодарность всем, кто принял участие и оказал помощь в сборе материалов, подготовке и издании книги. 3 Глава Белозерского района Попов Иван Владимирович Доблесть земли Белозерской...»

«Д.А. Новиков ТЕОРИЯ УПРАВЛЕНИЯ ОРГАНИЗАЦИОННЫМИ СИСТЕМАМИ Рекомендовано Редакционноиздательским советом Российской академии образования к использованию в качестве учебно-методического пособия Москва – 2005 УДК 519 ББК 22.18 Н 73 Новиков Д.А. Теория управления организационН73 ными системами. М.: МПСИ, 2005. – 584 с. Рецензенты: Кафедра инновационного менеджмента МФТИ (зав. кафедрой – д.т.н., проф. В.А. Ириков) д.т.н., проф. В.Н. Бурков д.ф.-м.н., проф. А.А. Воронин д.э.н., проф. Р.М....»

«Номинация конкурса: Обобщение педагогического опыта. Интегрированный подход в изучении географии. Автор: учитель географии Плетнева Екатерина Александровна Нижний Новгород 2006-2008 Интегрированный подход в изучении географии Актуализация проблемы: Интегрированный подход – это современный принцип обучения в средней школе. Он обеспечивает взаимосвязь предметов естественно – научного цикла между собой, а также с другими предметами. В основе интегрированного подхода, прежде всего, лежат...»

«А.Г. Нецветаев Экологическое право Москва, 2003 Нецветаев А.Г. Экологическое право Учебно-практическое пособие / Московский международный институт эконометрики, информатики, финансов и права. - М., 2003 - 203 с. © Нецветаев Александр Георгиевич, 2003 © Московский международный институт эконометрики, информатики, финансов и права, 2003 2 Содержание Введение 1.Основной текст 1.1. Экологическое право как отрасль системы российского права. 7 1.1.1. Общая характеристика экологических проблем в...»

«Апчхи. На здоровье! Чиханье, икота, зевота. Тайны, суеверия, полезные советы Лариса Черемухина 2 Книга Лариса Черемухина. Апчхи. На здоровье! Чиханье, икота, зевота. Тайны, суеверия, полезные советы скачана с jokibook.ru заходите, у нас всегда много свеж 3 Книга Лариса Черемухина. Апчхи. На здоровье! Чиханье, икота, зевота. Тайны, суеверия, полезные советы скачана с jokibook.ru заходите, у нас всегда много свеж Лариса Черемухина Апчхи. На здоровье! Чиханье, икота, зевота. Тайны, суеверия,...»

«Е. Э. Васильева ЭКОНОМИКА ПРИРОДОПОЛЬЗОВАНИЯ Учебно-методический комплекс МИНСК 2002 ПРОГРАММА КУРСА ЭКОНОМИКА ПРИРОДОПОЛЬЗОВАНИЯ 1. ЦЕЛИ И ЗАДАЧИ КУРСА Учебный курс рассчитан на студентов экономических специальностей и предполагает изучение основных концептуальных подходов, объясняющих механизмы взаимодействия экономической системы и окружающей среды, а также проблем и инструментов экологоэкономического регулирования. Задачами курса являются: • Изучение взаимосвязей и противоречий между...»

«УЧЕБНО-МЕТОДИЧЕСКИЙ КОМПЛЕКС ПО ДИСЦИПЛИНЕ ОСНОВЫ БИОМЕХАНИКИ профессиональный цикл основной профессиональной образовательной программы по специальности 050141 Физическая культура ДЛЯ СТУДЕНТОВ ОЧНОЙ ФОРМЫ ОБУЧЕНИЯ Ногинск, 2013 Составитель: Бортникова Г.И., преподаватель Ногинского филиала МГОУ. Учебно-методический комплекс по дисциплине Основы биомеханики (далее УМКД) – является частью рабочей программы Ногинского филиала МГОУ по специальности СПО 050141 Физическая культура, разработанной в...»

«Темякова Т.В.158, к.э.н., доцент СГУ им. Н.Г. Чернышевского, экономический факультет (г. Саратов, Россия) Аннотация В данной статье анализируется состояние институциональной структуры российской экономики в целом и ее составляющих в отдельности, выявляются основные институциональные ограничения, влияющие на развитие ценовой конкуренции: высокий уровень коррупции, низкая эффективность функционирования рынка, высокая степень монополизации экономики, высокая доля посреднических и торговых...»






 
© 2013 www.knigi.konflib.ru - «Бесплатная электронная библиотека»

Материалы этого сайта размещены для ознакомления, все права принадлежат их авторам.
Если Вы не согласны с тем, что Ваш материал размещён на этом сайте, пожалуйста, напишите нам, мы в течении 1-2 рабочих дней удалим его.