WWW.KNIGI.KONFLIB.RU

БЕСПЛАТНАЯ ЭЛЕКТРОННАЯ БИБЛИОТЕКА

 
<< HOME
Научная библиотека
CONTACTS

Pages:     || 2 | 3 | 4 | 5 |   ...   | 8 |

«ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ на Отчетной конференции по программе фундаментальных исследований Президиума РАН Молекулярная и клеточная биология (по результатам 2012 - 2013 гг.) ...»

-- [ Страница 1 ] --

РОССИЙСКАЯ АКАДЕМИЯ НАУК

Программа фундаментальных исследований Президиума РАН

«Молекулярная и клеточная биология»

Сибирское отделение СО РАН

_

Координатор Программы академик Г.П. Георгиев

Координатор Программы по Сибирскому отделению академик И.Ф. Жимулев

ТЕЗИСЫ ДОКЛАДОВ

на Отчетной конференции

по программе фундаментальных исследований Президиума РАН «Молекулярная и клеточная биология»

(по результатам 2012 - 2013 гг.) Новосибирск 2013 Эпигенетический и транскрипционный статус Х-хромосомы человека в плюрипотентных стволовых клетках и их дифференцированных производных Шевченко А.И., Захарова И.С., Закиян С.М.

Федеральное государственное бюджетное учреждение наук

и Институт цитологии и генетики СО РАН, 630090, Новосибирск, просп. Академика Лаврентьева, В данной работе показано, что ПСК человека характеризуются различным эпигенетическим статусом Х-хромосом, который демонстрирует высокую динамичность и нестабильность. Обнаружено отсутствие четкой связи между характеристиками хроматина и транскрипционной активностью генов Х-хромосомы. В частности, показано, что, несмотря на активный хроматин, транскрипция генов на одной из двух Х-хромосом может быть инактивирована. Предложены подходы для детекции транскрипционной активности генов Х-хромосом в линиях ИПСК и их дифференцированных производных. Показано, что плюрипотентные стволовые клетки, имеющие Х-хромосому с инактивированной транскрипцией, поддерживают транскрипционный сайленсинг Х-сцепленных генов в дифференцированных производных. При дифференцировке ПСК с двумя транскрипционно активными Ххромосомами в дифференцированных клетках наблюдается случайная инактивация транскрипции на одной из двух Х-хромосом, при этом инактивированная Х-хромосома может как иметь, так и не иметь признаки неактивного хроматина. Выявлено, что при дифференцировке клеток плюрипотентной линии эмбриональных стволовых клеток человека HUES9 случайная инактивация транскрипции на одной из двух Х-хромосом не связана с активностью гена XIST, до сих пор считавшегося ключевым геном, абсолютно необходимым для инициации инактивации Х-хромосомы, и происходит без привлечения характерных для этого процесса модификаций хроматина. Анализ экспрессии гена XIST показал, что как в недифференцированных, так и в дифференцированных клетках линии HUES9 он находится в неактивном состоянии, а его промотор сохранил исходное метилированное состояние. Полученные результаты позволяют заключить, что в инактивации Х-хромосомы человека задействован пока неизвестный независимый от экспрессии гена XIST механизм, который способен обеспечивать инактивацию транскрипции и сбалансированный уровень экспрессии генов при дифференцировке клеток.

Публикации:

1. Шерстюк В. В., Шевченко А. И., Мазурок Н. А., Закиян С. М. Активность ориджинов репликации в центре инактивации Х-хромосомы полевки в различных типах клеток // Доклады академии наук. 2013. Т. 450. № 5. С. 606- Влияние нуклеотидных замен в ТАТА боксах генов человека на связывание с ТВР белком: ассоциация с заболеваниями Савинкова Л.К., Драчкова И.А., Аршинова Т.В., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А.

Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт цитологии и генетики СО РАН, 630090, Новосибирск, просп. Академика Лаврентьева, Создан метод предсказания величин изменения сродства ТАТА-связывающего белка к ассоциированным с патологиями аллельным вариантам ТАТА-боксов промоторов генов человека. Впервые на примере 27 ассоциированных с 10 патологиями аллельных вариантов ТАТА-бокса генов человека (талассемия, боковой амиатрофический склероз, иммуносупрессия, рак легких, тромбофлебит и др.) было проведена компьютерноэкспериментальная проверка эмпирического уравнения констант равновесия скольжения ТВР вдоль ДНК до остановки на ТАТА-боксе и стабилизации ТВР/ТАТА-комплекса изгибом спирали ДНК. Она установила значимые корреляции между предсказанными и измеренными оценками ТВР/ТАТА-сродства, абсолютными (r=0.82, 10-7) и относительными (r=0.79, 10-3).

Публикации:

1. Savinkova L.K., Drachkova I.A., Arshinova T.V., Ponomarenko P.M., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A. An experimental verification of the predicted effects of promoter TATA-box polymorphisms associated with human diseases on interactions between the TATA boxes and TATA-binding protein. // PLoS ONE. 2013. V. 8. N. 2, P. e54626.

2. Ponomarenko M.P., Suslov V.V., Ponomarenko P.M., Gunbin K.V., Stepanenko I.L., Vishnevsky O.V., Kolchanov N.A. Abundances of microRNAs in human cells can be estimated as a function of the abundances of YRHB and RHHK tetranucleotides in these microRNAs as an ill-posed inverse problem solution. // Front Genet. 2013. V. 4, N. 2. P.

122.

3. Pintus SS, Ivanisenko NV, Demenkov PS, Ivanisenko TV, Ramachandran S, Kolchanov NA, Ivanisenko VA. The substitutions G245C and G245D in the Zn(2+)-binding pocket of the p53 protein result in differences of conformational flexibility of the DNA-binding domain. J Biomol Struct Dyn. 2013;31(1):78-86.

4. Levitsky VG, Babenko VN, Vershinin AV. The roles of the monomer length and nucleotide context of plant tandem repeats in nucleosome positioning. J Biomol Struct Dyn. 2013 Feb 5. [Epub ahead of print] 5. Kulakovskiy I, Levitsky V, Oshchepkov D, Bryzgalov L, Vorontsov I, Makeev V. From binding motifs in chip-seq data to improved models of transcription factor binding sites. J Bioinform Comput Biol. 2013 Feb;11(1): 6. Matushkin YG, Levitsky VG, Orlov YL, Likhoshvai VA, Kolchanov NA. Translation efficiency in yeasts correlates with nucleosome formation in promoters. J Biomol Struct Dyn. 2013 31(1):96-102.



7. Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Savina M.S., Ponomarenko P.M., Ponomarenko M.P., Likhoshvai V.A., Kolchanov N.A. How multiple auxin responsive elements interact in plant promoters: evidences from a reverse problem solution. Journal of Bioinformatics and Computational Biology. J Bioinform Comput Biol 11(1): 1340011, 8. Novoselova ES, Mironova VV, Omelyanchuk NA, Kazancev FV, Likhoshvai VA.

Mathematical modeling of auxin transport in protoxylem and protophloem of Arabidopsis thaliana root. Journal of Bioinformatics and Computational Biology. J Bioinform Comput Biol 11(1): 1340010, 2013.

9. N. Bessonov, V. Mironova, V. Volpert. Elastic cell model of plant meristem growth.

Mathematical modelling of natural phenomena. Mathematical Modelling of Natural Phenomena. Volume 8. Issue 04. pp 62-79.

10. Likhoshvai V.A., Fadeev S.I., Kogai V.V., Khlebodarova T.M. On the chaos in gene networks. J. Bioinform. Comput. Biol., 2013, 11(1): 1340009.

11. Igor I. Titov and Pavel S. Vorozheykin. Ab initio human miRNA and pre-miRNA prediction. J. Bioinformatics and Computational Biology. Vol.11. #6 (DOI:

10.1142/S0219720013430099 Accepted: 10 October 2013) 12. S. A. Lashin, E. A. Mamontova, Yu. G. Matushkin, Spatially Distributed Modeling of Prokaryotic Community Evolution, Rus. J Genet.: Ap. Res., 2013, Vol. 3, No. 3, pp. 184– 13. Дорошков А.В., Афонников Д.А., Пшеничникова Т.А. (2013) Генетический анализ опушения листа у изогенных линий мягкой пшеницы сорта Новосибирская 67.

Генетика, Т. 49, N. 12, с.1-9.

14. Хлебодарова Т.М., Ощепков Д.Ю., Тикунова Н.В., Бабкин И.В., Груздев А.Д., Лихошвай В.А.. Реконструкция механизмов регуляции экспрессии гена yfiA Escherichia coli в условиях стресса. Вавиловский журнал генетики и селекции, 2013, Т.17, №1, С.104- 15. Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М. Согласование темпов роста объема клетки и репликации ДНК: математическая модель. Матем. биология и биоинформ. 2013. Т.

16. Хлебодарова Т.М. Когай В.В., Акбердин И.Р., Ри Н.А. Фадеев С.И., Лихошвай В.А.

Моделирование утилизации нитрита клетками Escherichia coli: анализ потоков.

Матем. биология и биоинформ. 2013. Т. 8. № 1. С.268–286.

17. Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ермак Т.В., Тимонов В.А., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. «Электронная клетка»: проблемы и перспективы. Матем. биология и биоинформ. 2013. Т. 8. № 1. С. 287–307.

18. Матушкин Ю.Г., Левицкий В.Г., Соколов В.С., Лихошвай В.А., Орлов Ю.Л.

Эффективность элонгации генов дрожжей кореллирует с плотностью нуклеосомной упаковки в 5’-нетранслируемом районе. Математическая биология и биоинформатика. 2013. Т. 8. No 1. С. 248–257.

19. О.А. Подколодная. Молекулярно-генетические аспекты взаимодействия циркадных часов и метаболизма энергетических субстратов млекопитающих. Генетика.

(принята в печать) 20. Колчанов Н.А., Игнатьева Е.В., Подколодная О.А., Лихошвай В.А., Матушкин Ю.Г.Генные сети. Вавиловский журнал генетики и селекции.2013, №4. (принята к печати) 21. Комышев Е.Г., Генаев М.А., Гунбин К.В., Афонников Д.А. (2013) BioUniWA – система генерации web-сервисов и конвейеров для унифицированного доступа к ресурсам в области биоинформатики. Вавиловский журнал генетики и селекции, 2013, (принята к печати) 22. Орлов Ю.Л. (2013) Компьютерное исследование регуляции транскрипции генов эукариот с помощью данных экспериментов секвенирования и иммунопреципитации хроматина // Вавиловский журнал генетики и селекции.

(принята к печати).

Характеристика культур кардиальных мезенхимальных клеток из экспланта сердечной мышцы человека Е.А. Покушалов 1,3, С.В. Павлова1,2,3, А.А. Малахова1,2,3, Е.В. Чепелева1,2,3, Е.В. Дементьева1,2,3, С.М. Закиян1,2, Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН, г. Новосибирск;

Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт цитологии и генетики СО РАН, г.

Новосибирск;

ФГБУ Новосибирский научно-исследовательский институт патологии кровообращения им. акад. Е.Н.

Мешалкина Минздравсоцразвития России, г. Новосибирск;

Стволовые клетки сердца (СКС) имеют большие перспективы в лечении сердечнососудистых заболеваний человека. Основной характеристикой СКС является наличие тиразин-киназного рецептора с-Kit. В нашей работе были получены и охарактеризованы первичные культуры клеток из эксплантов сердца человека и показано, что 4% клеток несут на своей поверхности маркер с-Kit, что доказывает способность СКС мигрировать из экспланта и пролиферировать in vitro. В СКС клетках, сортированных методом MACS, выявляется экспрессия генов с-Kit, OCT4, Nanog, CD31, VE-cadherin, VEGFR2, что свидетельствует о коммитированности СКС в эндотелиальном направлении. При обработке дексаметазоном СКС дифференцируются в кардиомиоцитарном направлении, при культивировании в слое коллагена 1 типа – в эндотелиальном направлении.

Также было показано, что при культивировании экспланта происходит миграция клеток эндотелия и перицитов из микрососудов. Добавление в ростовую среду факторов EGF и VEGF приводит к увеличению доли CD31-позитивных клеток до 80%.

Отличительным свойством перицитов является экспрессия эндогенной щелочной фосфатазы, которая выявляется в 4% клеток культуры. Совместное культивирование перицитов и эндотелиальных клеткок на матригеле приводит к формированию капилляроподобных структур. Таким образом, помимо того, что эксплантная культура является источником региональных кардиальных стволовых клеток, она обладает ангиогенным потенциалом.

Внеклеточные дезоксирибонуклеиновые кислоты: поиск функционально значимых последовательностей и исследование их биологических свойств.

Лактионов П.П.

Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН, г. Новосибирск;



Pages:     || 2 | 3 | 4 | 5 |   ...   | 8 |
 



Похожие работы:

«ГОСУДАРСТВЕННЫЙ ДОКЛАД О СОСТОЯНИИ ОКРУЖАЮЩЕЙ СРЕДЫ РЕСПУБЛИКИ КАРЕЛИЯ В 2011 ГОДУ Петрозаводск 2012 ББК 20.1(2Рос.Кар) УДК 502/504 Г 72 Г 72 Государственный доклад о состоянии окружающей среды Республики Карелия в 2011 году / Министерство по природопользованию и экологии Республики Карелия; [редкол.: А.Н. Громцев (гл. ред.) и др.]. – Петрозаводск: Андреев П.Н., 2012. – 294 с. Электронный вариант на сайте: gov.karelia.ru ББК 20.1(2Рос.Кар) УДК 502/504 ISBN 978-5-905578-05-2 © Мин-во по...»

«МОГУТОВА ГОРА И ЕЕ ОКРЕСТНОСТИ Подорожник Под ред. С.В. Саксонова и С.А. Сенатора Тольятти: Кассандра 2013 2 Авторский коллектив Абакумов Е.В., Бакиев А.Г., Васюков В.М., Гагарина Э.И., Евланов И.А., Лебедева Г.П., Моров В.П., Пантелеев И.В., Поклонцева А.А., Раков Н.С., Розанов А.Ю., Розенберг Г.С., Рощевский Ю.К., Саксонов С.В., Сенатор С.А., Сидякина Л.В., Таранова А.М., Файзулин А.И., Чихляев И.В. УДК 502 (470.43) Могутова гора и ее окрестности. Подорожник / Под ред. С.В. Саксонова и С.А....»

«ДОКЛАД ОБ ОСОБЕННОСТЯХ КЛИМАТА НА ТЕРРИТОРИИ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ ЗА 2012 ГОД Москва, 2013 г. RUSSIAN FEDERAL SERVICE FOR HYDROMETEOROLOGY AND ENVIRONMENTAL MONITORING (ROSHYDROMET) A REPORT ON CLIMATE FEATURES ON THE TERRITORY OF THE RUSSIAN FEDERATION IN 2012 Moscow, 2013 УДК 551.5 ББК 26.2 Д 63 Д 63 Доклад об особенностях климата на территории Российской Федерации за 2012 год. – Москва, 2013. – 86 стр. В Докладе представлены результаты регулярного мониторинга климата Российской Федерации,...»

«2 Представлено смарт-устройство для инъекции лекарств животным Создание устройства и системы повышения безопасности ядерного реактора Гражданка Ирана попала в число 100 лучших изобретателей 2011 года/конкуренция с INTEL и APPLE. Иранский спутник Расад вышел на орбиту...»

«Цикл ГСЭ Иностранный язык Цель дисциплины:Формирование и развитие у студентов необходимого и достаточного уровня коммуникативных компетенций для решения профессиональных задач и межличностного общения на иностранном языке. Требования к результатам освоения курса: В результате освоения дисциплины формируются следующие компетенции: ОК-6, ОК-9. Место дисциплины в учебном плане: Цикл ГСЭ, базовая часть. Дисциплина изучается на биологическом факультете в 1, 2, 3, 4 семестрах. Содержание дисциплины:...»

«Автор 1927г.р. на фоне баобаба. Гвинея, Африка,1961г. Санкт-Петербург 2012 1 УДК 615.8 ББК 53.5 К64 Печатается по решению редакционно-издательского совета Региональной общественной организации учёных Балтийская Педагогическая Академия Научный рецензент: доктор педагогических наук, доцент А.В.Митрофанов Конев В.С. Основы долгожительства. Как я отодвинул старость./ Геронтологические очерки. СПб. 2012. Об авторе: Конев Владимир Степанович, 1927 г.р., ветеран ВОВ, канд.эконом.наук, профессор...»

«ПОЛОВИНА ПУТИ 100 ДНЕЙ В ОКЕАНЕ Год от сотворения мира 7522 Индикт = 7 Круг Солнца = 18 Круг Луны = 17 В лето мироздания 7522 От рождества же по плоти Бога Слова 2014 Индикта седьмого Месяца 01 апреля, вторник Владивосток 2014 Б 93 4700000000 Б 180(03)-2007 Болотов В.П., Конюхов Ф.Ф. Половина пути. 100 дней в океане. Исследования. Владивосток. 2014, 200c. Книга является продолжение двух первых: С Федором Конюховым на веслах через Тихий океан (в соавторстве с А.Заикой) и Океанская гребная лодка...»

«Пояснительная записка Цели биологического образования в основной школе формулируются на нескольких уровнях: глобальном, метапредметном, личностном и предметном, на уровне требований к результатам освоения содержания предметных программ. Глобальные цели биологического образования являются общими для основной и старшей школы и определяются социальными требованиями, в том числе изменением социальной ситуации развития — ростом информационных перегрузок, изменением характера и способов общения и...»

«1. Цель и задачи программы Данная программа предназначена для подготовки к вступительным испытаниям в аспирантуру по направлению подготовки 19.06.01 Промышленная экология и биотехнологии, научная специальность 05.18.04 – Технология мясных, молочных, рыбных продуктов и холодильных производств. Программа вступительных испытаний в аспирантуру подготовлена в соответствии с федеральными государственными образовательными стандартами высшего образования (уровень магистра или специалиста). Целью...»






 
© 2013 www.knigi.konflib.ru - «Бесплатная электронная библиотека»

Материалы этого сайта размещены для ознакомления, все права принадлежат их авторам.
Если Вы не согласны с тем, что Ваш материал размещён на этом сайте, пожалуйста, напишите нам, мы в течении 1-2 рабочих дней удалим его.